Per königlichem Erlass vom 23. Februar 1828 wurde der Auftrag erteilt, zwei gleichartige Kirchen für die Oranienburger Vorstadt mit 2500-3000 Sitzplätzen zu entwerfen. Mit dem Bau dieser beiden Kirchen sollte die ständig wachsende Sophiengemeinde entlastet werden, die für die seelsorgerische Betreuung in den nördlichen Vorstädten verantwortlich war. Als Standorte für die beiden Kirchen war das Rosenthaler Tor und der Wedding vorgesehen. Die Baukosten übernahm Friedrich Wilhelm III. selbst.
Schinkel wurde am 29. Februar 1828 damit betraut, einen kostengünstigen Entwurf ohne überflüssigen Zierrat für die beiden Kirchen zu entwerfen. Er erarbeitete fünf Entwürfe, die dem König zur Entscheidung vorgelegt wurden. Zwei Entwürfe wurden zur Ausführung genehmigt. Der Bau der St. Elisabethkirche vor dem Rosenthaler Tor wurde zuerst beschlossen. Mit den Bauarbeiten wurde sogleich begonnen. Aus diesem Grunde stellt sie sich heute noch annähernd so dar wie ursprunglich geplant. Denn zwischenzeitlich erfolgte aus politischen und finanziellen Gründen eine Planänderung. Statt der zwei "großen" Kirchen sollten nun vier kleinere Kirchen mit je 800-1000 Sitzplätzen errichtet werden. Da die St. Elisabethkirche im Bau schon weit vorgeschritten war, war an eine umfassende Änderung der Pläne nicht mehr zu denken. Einsparungen am Bau konnten nur noch am Bauschmuck und an der Innenausstattung gemacht werden. Daher ist sie die größte der vier Vorstadtkirchen. Die Baukosten konnten von ursprünglich 100 000 Taler auf ca. 80 000 Taler gesenkt werden.
1859/60 wurde durch die beiden Architekten Gustav Möller und August Stüler der Kirchenbau um zwei Nebenapsiden erweitert.
Die St. Elisabethkirche ist ein Putzbau im antikischen Stil und hat als einzige ein Portikus. Auf ihm stand die Inschrift: „Des Herrn Wort bleibt in Ewigkeit“. Die Längsseiten sind durch fünf Fensterachsen gegliedert, dessen übereinander liegende Rechteckfenster eine Zweigeschossigkeit vortäuschen. Durch sie wurde im Inneren lediglich die zweigeschossige umlaufende Empore ausgeleuchtet. Die Kirche wurde im Krieg schwer beschädigt und stand bis in die 1990er Jahre als ungesicherte Ruine mitten in Berlin. Nur die Umfassungsmauern blieben erhalten.
Mit Mitteln der Deutschen Stiftung Denkmalschutz wurde die Ruine gesichert und der Kirchenraum überdacht. Seit 1999 wird die Kirche schrittweise wieder aufgebaut. Das äußere Erscheinungsbild wurde wieder hergestellt. Auf Grund der Beschädigungen wird der Innenraum nicht rekonstruiert. Statt dessen sollen die Zerstörungen sichtbar bleiben und Raum geben für gesellschaftliche und kulturelle Veranstaltungen jeglicher Art.
Ein Taufbecken aus bronziertem Zink blieb erhalten. Es ist identisch mit den Taufbecken der Kirchen in Neuhardenberg und Wittenberg.

(Quelle: Johannes Cramer; Ulrike Laible und Hans-Dieter Nägelke: Karl Friedrich Schinkel, Führer zu seinen Bauten, Band1
Paul Ortwin Rave; Schinkel Lebenswerk - Band Berlin I)