Die ehemalige Anatomie der Universität Bonn war der erste Neubau eines Gebäudes an der 1818 gegründeten Bonner Universität. Universitätsbaumeister Friedrich Waesemann erstellte 1821 die ersten Pläne für das neue Institutsgebäude, die noch im selben Jahr in der Berliner Oberbaudeputation (OBD) zur Genehmigung eingereicht wurden. Schinkel, der die Pläne begutachtete, nahm umfangreiche Änderungen vor. Diese betrafen die Vereinheitlichung der Fenster, Vorschläge zu den Konstruktionen der Kuppel und des Daches und der"...Einfachheit in der äußeren Anordnung der Architektur".
Im Inneren empfahl er dem Amphitheater eine größere Steigung zu geben, damit "..gehörig der Tisch der Präparate gesehen werden kann".Auch zur Beleuchtung machte er in seinem Gutachten Angaben und erklärte ausführlich, warum die seitliche Beleuchtung durch Sonnenanfall einer Sonneneinstrahlung durch den Zenit vorzuziehen ist.
Da sich die Bonner Beamten aber gegen diese Änderungsvorschläge Schinkels sträubten und als Argument Mehrkosten von 2000 Talern anführten, nahm Schinkel Einsparungen bei der Konstruktion der Rotunde vor. Diese sollte im Inneren ursprünglich eine Kuppel erhalten. Der Vorschlag Schinkels sah nun vor, die Rotunde flach zu decken. Wie nebenbei wurde so die zweckmäßigste Lösung für diesen Schulbau gefunden.
1824/25 wurde die Anatomie an der südöstlichen Seite des Hofgartens, gegenüber vom Schloss, errichtet. Der Bau kostete 18913 Taler. Wegen der schlechten Bauausführung, für deren Aufsicht Waesemann verantwortlich war, fielen immer wieder Reparaturen an. Nach einer Besichtigung durch Schinkel tadelte er die Bauausführung und bemängelte besonders die Steinhauerarbeiten.
Schon 1830 wurde südlich ein einstöckiger Anbau errichtet, der jedoch 1883/84 wieder abgerissen wurde um Platz für einen größeren Querbau zu machen. Ursprünglich war die Anatomie im Rundbogenstil errichtet worden. Doch parallel zu den Anbauarbeiten wurden am Hauptgebäude die Rundbogenfenster begradigt. Durch die einheitliche Gestaltung harmonieren heute meines Erachtens nach die verschiedenen Gebäudeteile gut miteinander.
Nachdem die Anatomie 1874 in ein größeres Gebäude umzog, fanden hier die Abgüsse antiker Skulpturen ihre neue Heimstatt.
Ein weiterer Anbau erfolgte 1908/09. Er beherbergt das archäologische Institut mit Hörsaal und Bibliothek.

(Quelle: Andreas Bernhard; Gert Streit: Karl Friedrich Schinkel, Führer zu seinen Bauten, Band2;
Eva Brües, Schinkel Lebenswerk-Die Rheinlande
Hinweistafel vor Ort)